Para operacionalizar seu objetivo, o IBPC desenvolve uma rede integrada de centros especializados de pesquisa localizados em hospitais universitários, hospitais públicos ou beneficientes de referência no tratamento do câncer em todo o Brasil.

Como garantia para a qualidade da pesquisa e atendimento médico, o Instituto se compromete disponibilizando enfermeiras, gerentes de dados e assistentes de pesquisas. Também é função do IBPC manter nas instituições afiliadas procedimentos internos de auditoria de qualidade, relatórios, documentação e necessidades regulatórias em tempo real, via internet.

A rede integrada permite ainda a possibilidade da entrada de projetos de qualquer centro oncológico do mundo e o desenvolvimento de uma infra-estrutura de nível internacional.

O IBPC é uma organização com status OSCIP - Organização da Sociedade Civil de Interesse Público. Isso permite ao IBPC receber doações, que poderão ser deduzidas do Lucro Operacional auferido pelo Doador até o limite de 2% do IR.
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Além da equipe médica, instituições de saúde afiliadas, centros de pesquisa e infra-estrutura de ponta, o IBPC conta com suporte de laboratórios patrocinadores, parcerias com instituições internacionais de pesquisa e contribuições de pessoas físicas e jurídicas. Essas parcerias e doações constituem as fontes de recurso usadas pelo IBPC para suprir seus custos fixos.